Paddington har vuxit upp djupt i den peruanska djungeln med sin moster Lucy som, inspirerad av ett möte med en engelsk upptäcktsresande, har fått sin brorson att drömma om ett spännande liv i London. När en jordbävning förstör deras hem bestämmer sig Lucy för att smuggla sin unge brorson ombord på en båt på väg till England, på jakt efter ett bättre liv. När Paddington anländer ensam på Paddington Station upptäcker han snart att stadslivet inte alls var som han hade tänkt sig, tills den vänliga familjen Brown hittar honom med en etikett knuten runt halsen där det står ”Ta hand om den här björnen. Tack.” De erbjuder honom ett tillfälligt hem medan han börjar söka efter den upptäcktsresande som gjorde ett sådant intryck på moster Lucy många år tidigare. Men när en elak konservator får syn på Paddington, dröjer det inte länge förrän både hans hem och hela existens är hotad.