Efter att han i det senaste äventyret flytt till Afrika, längtar nu lejonet Alex hem till sitt älskade Central Park Zoo i New York. Efter lite övertalning går hans trogna djurparksvänner zebran Marty, flodhästen Gloria och giraffen Melman med på att hjälpa Alex att återvända. Med på resan följer även kung Julien, Maurice och förstås pingvinerna. Deras livs äventyr tar dem genom Europa där de hittar den perfekta täckmantel, en cirkus, vilken de tillsammans med en rad förtjusande nya vänner vänder upp-och-ned på, i äkta Madagaskar-stil.