Alla våra gamla vänner är tillbaka igen, lejonet Alex, zebran Marty, giraffen Melman och Pingvinerna. I denna uppföljare försöker gänget ta sig från Madagaskar tillbaka till New York – med hjälp av ett kraschat plan pingvinerna försökt att lappa ihop. Mot alla odds lyckas de lyfta planet och gänget ser fram emot att komma hem till tryggheten i Central Park Zoo. Men ödet vill annorlunda?