Här får vi se hur den japanska Ninja-krigaren HAMATO YOSHIs råtta förvandlas till ninjaråttan Splinter. Splinter blir ledare till gruppen av det gröna Ninja Turtles: Leonardo, Donatello, Raphael, Michaelangelo, som tillsammans som slåss för det goda och bekämpar det onda i storstaden. Vi får också träffa April samt den mäktige och onde Shredder, som vill stoppa våra gröna hjältar för att själv kunna bestämma över hela världen. Kan turtlarna avbryta sitt pizzaätande tillräckligt länge för att stoppa Shredder – innan det är försent?