Ett vattenstänkande äventyr med Scooby-Doo och hans mysterilösande gäng. Denna gång kolliderar de med ett gåtfullt skepp och försöker få fram ledtrådar från en försvunnen besättning. I ett annat avsnitt blir Shaggy och Scooby-Doo tillfångatagna av en pirat – om ingen löser fallet snart kommer någon att tvingas gå på plankan! Vännerna hamnar senare i ett träsk, där de återigen står öga mot öga med piraterna.