För länge sedan gav Arceus en gnutta av sina otroliga krafter till livets juvel för att hjälpa staden Michina i nödens stund. Men när kraften skulle lämnas tillbaka blev Arceus bedragen. Nu återvänder Arceus för att ta tillbaka sin stulna kraft-hämndlysten och omöjlig att stoppa. Inte ens Dialgas, Palkias och Giratinas samlade makt kan stoppa Arceus från sin förödande existens över flera dimensioner. Men Ash och hans följeslagare kan ha upptäckt ett sätt att lösa det uråldriga sveket. Kommer de hinna lämna tillbaka livets juvel innan Arceus utplånar allt och alla de någonsin känt?