Med vännen Barneys hjälp lämnar Fred Flintstone sitt jobb som lyftkranoperatör för att bli företagets vicepresident. Vad han inte vet är att den onde tjänstemannen Cliff Vanercave och hans lömska sekreterare Sharon Stone planerar att förskingra stora mängder pengar – och lägga skulden på Fred.

Bedrock på stenåldern. Gazoo, en utomjording, sänds till Jorden för att studera mänskliga parningsritualer. Han landar i närheten av Fred Flintstone och Barney Rubble som båda precis har utexaminerats från college för att börja arbeta vid stenbrottet. Wilma Slaghoople, missnöjd med sitt andefattiga men förmögna liv, rymmer hemifrån och blir god vän med Betty O’Shale, servitris på Bronto King. Tillsammans går flickorna ut på en dubbelträff med Fred och Barney. Barney får ihop det med Betty och Fred med Wilma.